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我國(guó)科學(xué)家發(fā)現(xiàn)基于超氧陰離子的過(guò)氧化氫酶催化機(jī)制

  過(guò)氧化氫酶是一種普遍存在于自然界的血紅素鐵酶,其活性主要是分解H2O2產(chǎn)生H2O和O2,以保護(hù)生物體不被過(guò)氧化氫所毒害,目前該酶的主要研究方向?yàn)镠2O2的分解機(jī)制及其生理功能,而過(guò)氧化氫酶的O2的代謝利用機(jī)制尚未見(jiàn)報(bào)道。前期研究發(fā)現(xiàn),過(guò)氧化氫酶EasC利用O2催化麥角生物堿核心骨架四并環(huán)結(jié)構(gòu)中C環(huán)合成時(shí)并不需要額外添加NADPH等還原劑,推測(cè)其可能代表著一種未知的氧氣激活與氧同化機(jī)制。

  近日,中國(guó)科學(xué)院天津工業(yè)生物技術(shù)研究所高書(shū)山團(tuán)隊(duì)與杭州師范大學(xué)郭瑞庭團(tuán)隊(duì)合作,破解了EasC蛋白底物復(fù)合體結(jié)構(gòu),并利用波譜測(cè)定、體外生化、同位素標(biāo)記和化學(xué)計(jì)算等手段,從分子水平闡明了EasC利用O2催化氧化環(huán)化反應(yīng)的新機(jī)制。團(tuán)隊(duì)首先通過(guò)電鏡獲得EasC酶與底物PCC的復(fù)合體結(jié)構(gòu)(2.33 ?),發(fā)現(xiàn)EasC呈現(xiàn)二聚體結(jié)構(gòu),并且發(fā)現(xiàn)PCC并不是結(jié)合在heme口袋上方,而是結(jié)合在過(guò)氧化氫酶共有的NADPH口袋,該位置距離heme口袋20.7 ?,兩口袋之間通過(guò)一個(gè)狹長(zhǎng)活性氧傳輸通道相連。為了探究EasC參與催化反應(yīng)的鐵氧復(fù)合物類(lèi)型,隨后團(tuán)隊(duì)對(duì)酶的波譜特征進(jìn)行了檢測(cè)。在有氧條件下,將底物PCC和EasC酶(靜息態(tài)Fe(III))進(jìn)行快速混合,使用停留色譜檢測(cè)到了416、544 和590 nm的最大吸收,該吸收明顯區(qū)別于血紅素酶已報(bào)道的鐵-氧復(fù)合體Compound I (Cpd I,Fe(IV)=O) 的最大吸收(408 和650 nm),反而與文獻(xiàn)報(bào)道的Compound III(Cpd III,Fe(III)-O2·-)吸收一致,表明EasC中的血紅素鐵可能以Cpd III的方式參與催化反應(yīng)。進(jìn)一步的電子順磁共振和紫外吸收測(cè)試表明,在有氧條件下,靜息態(tài)EasC的Fe(III)接收底物電子并與O2結(jié)合耦合、直接形成Cpd III。由于Cpd III可以分解生成超氧陰離子(O2·-)并回歸到靜息態(tài)Fe(III),團(tuán)隊(duì)推測(cè)EasC催化過(guò)程可能由超氧陰離子介導(dǎo)。因此該研究進(jìn)一步通過(guò)活性氧抑制實(shí)驗(yàn)、超氧陰離子恢復(fù)實(shí)驗(yàn)以及18O標(biāo)記的超氧陰離子自由基競(jìng)爭(zhēng)性實(shí)驗(yàn),鑒定出氧氣被活化成超氧陰離子(O2·-)的活性氧形式、參與底物的轉(zhuǎn)化,而非傳統(tǒng)的鐵-氧復(fù)合物轉(zhuǎn)化底物。

  基于以上實(shí)驗(yàn)結(jié)果,團(tuán)隊(duì)提出了基于活性氧超氧陰離子的反應(yīng)機(jī)制:i)結(jié)合在NADPH口袋的底物PCC,其吲哚氨基將一個(gè)電子傳遞給血紅素口袋的Fe(III),后者同時(shí)和氧氣結(jié)合形成Fe(III)-O2·- (Cpd III);ii)Cpd III進(jìn)一步分解成Fe(III)和超氧陰離子(O2·-),生成的超氧陰離子通過(guò)兩個(gè)口袋之間的ROS通道進(jìn)入NADPH口袋;iii)超氧陰離子與底物PCC結(jié)合,催化復(fù)雜的氧化環(huán)化反應(yīng),完成麥角生物堿C環(huán)的合成。

  綜上所述,該研究詳細(xì)闡明了麥角生物堿核心骨架C環(huán)的生物合成機(jī)制,發(fā)現(xiàn)過(guò)氧化氫酶EasC利用超氧陰離子實(shí)現(xiàn)氧氣激活,并進(jìn)一步催化氧化環(huán)化反應(yīng)。該機(jī)制代表了一種全新的血紅素金屬酶的催化模式,即氧氣無(wú)需形成活性鐵-氧復(fù)合物。同時(shí),該研究也讓過(guò)氧化氫酶的相關(guān)研究從H2O2依賴(lài)性酶轉(zhuǎn)向O2依賴(lài)性酶,拓展了過(guò)氧化氫酶這一生物催化劑的研究領(lǐng)域。

  該工作得到了國(guó)家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國(guó)家自然科學(xué)基金、天津市合成生物技術(shù)創(chuàng)新能力提升行動(dòng)、湖北紅山實(shí)驗(yàn)室項(xiàng)目、杭州師范大學(xué)交叉學(xué)科研究項(xiàng)目以及中國(guó)科學(xué)院戰(zhàn)略性先導(dǎo)科技專(zhuān)項(xiàng)等項(xiàng)目支持,相關(guān)成果發(fā)表于Nature期刊。杭州師范大學(xué)陳純琪教授、博士生劉紫薇,中國(guó)科學(xué)院天津工業(yè)生物技術(shù)研究所客座博士生禹之璞、中國(guó)科學(xué)院微生物研究所副研究員姚永鵬為本文的共同第一作者,高書(shū)山研究員和郭瑞庭研究員為本文的共同通訊作者。低碳合成工程生物學(xué)全國(guó)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室和工業(yè)酶國(guó)家工程研究中心相關(guān)科研人員在本項(xiàng)工作中做出了重要貢獻(xiàn)。

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